罗布麻 COMT 基因家族的生物信息学分析

Bioinformatics Analysis of COMT Gene Family of Apocynum venetum

摘要:

【目的】COMT基因家族成员在植物木质素合成、生长发育以及非生物胁迫等方面发挥重要调控作用。为分析罗布麻AvCOMT基因结构、表达、蛋白理化性质及在木质素生物合成过程中的功能。【方法】利用生物信息学方法对其进行染色体定位、蛋白理化及结构、顺势作用元件以及系统发育树的预测和分析。【结果】结果显示,罗布麻COMT基因家族共有10个成员,分布在3条染色体上,包括有1-4个外显子,3-10个保守序列。其二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成。AvCOMT01、AvCOMT02、AvCOMT03、AvCOMT05和AvCOMT08蛋白三级结构与拟南芥AtCOMT蛋白结构相似。在10个COMT蛋白中,AvCOMT07和AvCOMT10为不稳定蛋白,其余成员均为稳定蛋白；AvCOMT01、AvCOMT03和AvCOMT04为疏水性蛋白,其余均为亲性水蛋白。通过对上游2000bp区域顺式作用元件进行分析,发现罗布麻COMT基因的表达受到光照、温度等环境因子以及生长素、赤霉素、脱落酸等植物激素的调控。【结论】获得10个罗布麻AvCOMT基因,从分子方面揭示了AvCOMT家族成员在木质素合成方面的关键作用。

Abstract: